Nata all’interno dell’Ospizio dei Poveri di Vercelli che per circa tre secoli ha accolto bambini e bambine di famiglie in difficoltà, all’inizio del 1800 i corsi musicali furono aperti anche a studenti esterni e vennero emanati i primi regolamenti per il funzionamento dell’istruzione musicale che, di fatto, era diventata analoga a quella dei Conservatori di musica. Intanto la scuola musicale si era molto sviluppata e le sezioni di strumento a fiato e ad arco iniziarono a produrre elementi e figure professionali molto preparate da inserire sia negli organici delle due bande reggimentali di stanza a Vercelli sia nella compagine orchestrale stabile del Teatro Civico.

Un ulteriore sviluppo si ebbe nella prima parte del 1900 con l’incarico della direzione della scuola affidata al M° Aristide Colombo, violinista e compositore di prim’ordine, che diresse la Scuola di musica dell’Ospizio ininterrottamente per ben 58 anni. Sotto la direzione del M° Colombo, gli “archi di Vercelli” (così erano chiamati i suoi allievi violinisti) raggiunsero un ragguardevole grado di preparazione tanto da essere spesso invitati come aggiunti nelle orchestre del Teatro Regio di Torino, alla Scala di Milano, al Carlo Felice di Genova quando le produzioni operistiche e sinfoniche richiedevano organici molto ampi.

Fu in questo periodo che la scuola di musica venne intitolata a Francesco Antonio Vallotti, frate minorita vercellese di nascita, compositore, organista e teorico musicale fra i più importanti della storia della musica italiana vissuto fra la fine del ‘600 e la seconda metà del 1700 .

Alla fine degli anni ’70, in seguito allo scioglimento dell’Ente “Ospizio dei Poveri”, la scuola passò sotto la gestione del Comune, e da pochi anni è stata trasformata in Istituzione autonoma, retta da un Consiglio di Amministrazione, assumendo l’attuale denominazione ufficiale di Istituzione Scuola Comunale di Musica “F. A. Vallotti”.